이사장은 재단 설립준비위원장으로 일한 김태현 성신여대 사회복지학과 명예교수가 맡았다. 이사진은 김 이사장을 포함해 김교식 아시아신탁 회장, 진창수 세종연구소장, 이원덕 국민대 교수, 이은경 법무법인 산지 대표, 조희용 국립외교원 일본연구센터소장 등 준비위에 참여한 각계 인사 10명으로 꾸려졌다. 정부는 피해자 대부분이 재단 설립에 찬성했다고 밝혔지만 일부 피해자 할머니와 정신대문제대책협의회(정대협) 등 시민단체가 재단 출범에 강하게 반발하였다.